Vào tháng 1 năm 1945, Luftwaffe thành lập đơn vị đánh giá thử nghiệm Erprobungskommando 162 được trang bị 46 máy bay. Đơn vị này đóng quân tại trung tâm thử nghiệm của Luftwaffe tại Rechlin, có thể do Heinz Bär chỉ huy. Heinz Bär là một phi công chiến đấu dày dạn kinh nghiệm với hơn 200 lần bắn rơi máy bay đối phương, trong đó có 16 lần khi lái chiếc Me 262, Bär là chỉ huy của đơn vị huấn luyện sẵn sàng chiến đấu III./Ergänzungs-Jagdgeschwader 2 (EJG 2). Tuy nhiên, các tài liệu cá nhân của Bär không chứng nhận sự có mặt của Bär tại Erprobungskommando 162 hoặc đã từng điều khiển He 162.

Tháng 2-1945, những chiếc He 162 đã được chuyển giao cho đơn vị chiến đấu đầu tiên, I./JG 1 (Không đoàn số 1 của Jagdgeschwader 1 — "Liên đoàn tiêm kích số 1"), trước đó đơn vị này được trang bị máy bay Focke-Wulf Fw 190A. I./JG 1 được chuyển đến Parchim, tại đó cũng là căn cứ cho các máy bay Me 262 thuộc Jagdgeschwader 7, gần nhà máy Heinkel tại "Marienehe" (ngày nay là Rostock-Schmarl, phía tây bắc trung tâm thành phố Rostock). Tại đây các phi công nhận máy bay phản lực mới của mình và bắt đầu đào tạo chuyên sâu vào tháng 3, tất cả diễn ra trong khi mạng lưới vận tải, các nhà máy sản xuất máy bay và việc cung cấp nhiên liệu của Đế chế thứ 3 đã bị sụp đổ dưới sự tấn công của Quân đồng minh. 7 tháng 4, Không quân lục quân Mỹ (USAAF) đã ném bom khu vực Parchim với lực lượng gồm 134 chiếc B-17 Flying Fortress, gây thiệt nghiêm trọng cho cơ sở hạ tầng. Hai ngày sau, I./JG1 chuyển về sân bây gần Ludwigslust và gần một tuần sau đó, chuyển một lần nữa đến sân bay gần Leck, gần biên giới Đan Mạch. 8/4/1945, II./JG1 chuyển đến Marienehe và bắt đầu chuyển loại máy bay từ Fw 190A sang He 162. III./JG1 cũng được lên kế hoạch để chuyển loại sang He 162, nhưng Gruppe giải tán vào ngày 24/4/1945 và nhân lực của nó được chuyển sang các đơn vị khác.

He 162 xuất hiện cuối cùng trong chiến đấu vào giữa tháng 4. 19/4, một phi công chiến đấu của Không quân Hoàng gia (RAF) bị bắt đã khai với viên sĩ quan Đức thẩm vấn rằng anh ta đã bị bắn hạ bởi một máy bay phản lực giống với mô tả của chiếc He 162. Chiếc Heinkel và phi công lái cũng bị bắn hạ bởi một chiếc Hawker Tempest của RAF trong khi đang tìm cách tiếp cận. Dù vẫn đang đào tạo, I./JG 1 đã có những thành tích bắn hạ máy bay của phe đồng minh vào giữa tháng 4, nhưng cũng đã mất 13 chiếc He 162 và 10 phi công. 10 máy bay rơi trong khi bay bởi các lỗi cấu trúc thân bị rơi ra. Chỉ có 2 trong số 13 chiếc bị bắn hạ. Một vấn đề khác của He 162 đó là khả năng chứa nhiên liệu, nhiên liệu nó mang theo chỉ đủ sử dụng trong 30 phút, ít nhất 2 phi công của JG 1 đã bị bắn hạ khi cố gắng hạ cánh khẩn cấp sau khi hết nhiên liệu.

Trong những ngày cuối tháng 4, khi quân đội Xô viết tiến sâu vào nước Đức, II./JG 1 đã được sơ tán khỏi Marienehe, 2/5 thì nó sáp nhập với I./JG 1 tại Leck. 3/5 tất cả các máy bay He 162 còn lại của JG 1 được tái cấu trúc thành hai không đoàn là I. Einsatz và II. Sammel. Tất cả máy bay của JG 1 đều ngừng bay vào 5/5, khi tướng Hans-Georg von Friedeburg ký vào văn kiện đầu hàng của tất cả lực lượng vũ trang Đức tại Hà Lan, tây bắc Đức và Đan Mạch. 6/5, khi người Anh đến sân bay của JG 1, họ đã thu giữ các máy bay He 162, sau đó chúng được chuyển đến Mỹ, Anh, Pháp và Liên Xô để đánh giá thêm. Các máy bay tiêm kích của đơn vị Erprobungskommando 162 đã giải thể và sáp nhập vào JV 44, một đơn vị máy bay phản lực ưu tú dưới sự chỉ huy của Adolf Galland vài tuần trước khi Đức đầu hàng, tất cả máy bay đều bị phá hủy để tránh rơi vào tay quân Đồng minh. Vào thời điểm Đức đầu hàng vô điều kiện 8/5/1945, 120 chiếc He 162 đã được cung cấp cho các đơn vị, thêm 200 chiếc khác đang được hoàn thiện và chờ nghiệm thu hoặc thử nghiệm bay; và khoảng 600 chiếc khác đang trong các giai đoạn sản xuất khác nhau.

Những khó khăn của He 162 gây ra chủ yếu bởi việc đưa vào sản xuất vội vàng, chứ không phải bởi thiết kế của nó[2] Một phi công giàu kinh nghiệm của Luftwaffe đã từng lái nó gọi nó là "máy bay chiến đấu hạng nhất". Ý kiến này được phản ánh bởi Eric "Winkle" Brown thuộc FAA (Không quân Hải quân Anh), người đã bay đánh giá He 162 sau chiến tranh, và lái He 162 làm thú vui sau khi thử nghiệm hoàn thành. Ông coi việc lái nó rất thú vị, mặc dù việc điều khiển nó chỉ phù hợp cho các phi công có kinh nghiệm. Ông đã viết về các chuyến bay trên He 162 trong cuốn Wings of the Luftwaffe, được in lại trong nhiều phương tiện truyền thông trong những năm qua.[3] Brown đã cảnh báo lưu tâm tới đuôi lái do có sự nghi ngờ đó là nguyên nhân dẫn tới vài chuyến bay thất bại. Cảnh báo này đã được Brown chuyển cho phi công của RAF là trung úy R.A.Marks, nhưng dường như nó không được quan tâm đến. Một trong các bộ phận đuôi lái và cánh đuôi thăng bằng đã bị vỡ khi máy bay bắt đầu lộn vòng ở độ cao thấp, tại Triển lãm hàng không Farnborough, khiến máy bay đâm xuống đất giết chết Marks.